Planet Krypton menghadapi kehancuran dalam waktu dekat karena intinya tidak stabil, dan dewan yang berkuasa berada di bawah ancaman pemberontak Jenderal Zod dan para pengikutnya. Ilmuwan Jor-El dan istrinya Lara-El meluncurkan anak mereka yang baru lahir, Kal-El pada pesawat ruang angkasa ke bumi, menanamkan sel-selnya dengancodex genetik untuk melestarikan ras Krypton. Setelah pembunuhan Zod tehadap Jor-El, ia dan pengikutnya ditangkap dan dibuang ke Zona Bayangan. Namun, Krypton meledak beberapa waktu kemudian dan membebaskan mereka.

Bayi Kal-El diangkat sebagai anak angkat Jonathan dan Martha Kent, dan dia diberi nama Clark Kent. Fisiologi Krypton Clark memberikan dia kemampuan super di Bumi, yang awalnya menyebabkan dia kebingungan, tapi dia secara bertahap belajar untuk memanfaatkan kekuatannya untuk membantu orang lain. Jonathan mengungkapkan ke Clark remaja bahwa ia adalah alien dan menyarankan dia untuk tidak menggunakan kekuatannya secara terbuka, karena takut bahwa masyarakat akan menolaknya. Setelah kematian Jonathan, seorang Clark dewasa menghabiskan beberapa tahun hidup secaranomaden, mengerjakan pekerjaan yang berbeda di bawah nama palsu. Suatu ketika ia menyusup ke tempat penemuan ilmiah pesawat luar angkasa Kryptonian di Arktik. Clark memasuki kapal asing tersebut, dan memungkinkan dia untuk berkomunikasi dengan kesadaran Jor-El yang diawetkan dalam bentuk hologram. Lois Lane, seorang wartawan dari Daily Planet yang diutus untuk menulis cerita tentang penemuan ini, menyelinap di dalam kapal saat mengikuti Clark dan diselamatkan olehnya ketika dia terluka. Atasan Lois, Perry White menolak ceritanya tentang "manusia super" penyelamat, jadi kemudian Lois menelusuri Clark kembali. Ia ke Kansas dengan tujuan menulis sebuah uraian. Setelah mendengar cerita sebenarnya tentang Clark, Lois memutuskan untuk tidak mengungkapkan rahasianya lagi.

Zod dan pengikutnya mencari dunia koloni lain, dan akhirnya mengikuti sinyal marabahaya Krypton yang dikirim dari kapal Clark yang ditemukan di Bumi. Tuntutan Zod adalah bahwa manusia harus menyerah Kal-El, yang ia percaya memiliki codex, sebagai imbalan bagi perdamaian. Clark setuju, dan akhirnya militer AS menyerahkan Clark. Namun, Faora utusan Jenderal Zod menginginkan agar Lois Lane mereka berduapun dibawa. Zod mengungkapkan bahwa ia bermaksud untuk menggunakan "mesin dunia"terraform untuk mengubah bumi menjadi Krypton baru, memberantas populasi manusia, dan menggunakan codex untuk mengisi kembali planet dengan bangsa Krypton rekayasa genetik. Setelah kapal Clark dan Lois melarikan diri Zod, Clark mengalahkan Faora, meyakinkan militer bahwa ia adalah sekutu. Zod menyebarkan mesin dunia dan memulai proses di Metropolis dan di Samudra Hindia.

Clark, sekarang dijuluki "Superman", ia berusaha menghentikan mesin dunia di Samudera Hindia. Militer menggunakan pesawat ruang angkasa yang membawa Clark ke Bumi dalam serangan udara terhadap kapal Zod diatas kota Metropolis, untuk membawa kembali kru Zod ke Zona Bayangan. Hanya Zod yang tetap berada di bumi, dan dia terlibat dalam pertarungan dengan Superman di Metropolis. Ketika upaya Zod membunuh warga sipil untuk balas dendam atas kekalahannya, Superman terpaksa membunuh Zod. Beberapa waktu kemudian, Superman terus mendapatkan kepercayaan oleh pemerintah AS, meskipun menghindari upaya mereka untuk mengungkap identitas rahasianya. Untuk membuat alias yang memberinya akses ke situasi berbahaya tanpa menimbulkan kecurigaan, Clark mengambil pekerjaan sebagai reporter di Daily Planet.